理事会是会员代表大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导本会开展日常工作，对会员代表大会负责。监事会在监事长领导开展工作，监督本会及其领导成员依照有关制度及工作计划开展活动。理事会和监事会的职权由本会章程规定。理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效。
2012年8月18日，第六届会员代表大会选举产生了第六届理事会和监事会，理事会由87位理事组成，监事会由5位监事组成。第六届理事会第一次会议选举产生了第六届理事会会长、副会长和秘书长，监事会议选举产生了第六届监事会监事长。
2016年8月19日，第七届会员代表大会选举产生了第七届理事会和监事会，理事会由140位理事组成，监事会由5位监事组成。第七届理事会第一次会议选举产生了第七届理事会会长、副会长和秘书长，监事会议选举产生了第七届监事会监事长。
2020年8月18日，第八届会员代表大会选举产生了第八届理事会和监事会，理事会由177位理事组成，监事会由5位监事组成。第八届理事会第一次会议选举产生了第八届理事会会长、副会长和秘书长，监事会议选举产生了第八届监事会监事长。
2021年10月24日，经第八届会员代表大会增选73名第八届理事会理事，理事会理事共计250人。
2024年5月25日，第九届会员代表大会选举产生了第九届理事会和监事会，理事会由226位理事组成，监事会由5位监事组成。
第九届理事会名单（合计226人，按照姓名笔画顺序）：
丁士军 丁存振 于爱芝 万俊毅 马丁丑 马红坤 马健 马培衢 王小华 王丹 王文龙 王亚华 王成军 王传荣 王全忠 王志刚 王怀豫 王林萍 王杰 王学君 王建友 王珊珊 王荣党 王勇 王艳荣 王晓君 王德平 牛荣 尹冠球 邓蓉 石宝峰 布娲鹣·阿布拉 东梅 叶初升 申云 田旭 冯静蕾 司伟 邢丽荣 师帅 曲颂 吕杰 朱红根 朱思柱 朱晨 朱晶 朱满德 庄晋财 刘子飞 刘元胜 刘长全 刘文霞 刘西川 刘合光 刘志雄 刘伯霞 刘宏曼 刘国斌 刘金荣 刘家富 刘祥琪 刘锐金 刘瑞峰 刘溢海 齐蘅 闫云仙 米运生 许佳彬 孙芳 孙顶强 孙林 孙致陆 芦千文 李天祥 李凤荣 李平 李东坡 李光泗 李先德 李谷成 李金秋 李建琴 李春顶 李荣耀 李晓云 李爽 李隆玲 杨兴龙 杨树果 杨辉 肖皓 吴伟光 何艳桃 佘小宁 余家林 邹玉友 邹宝玲 汪红梅 沈琼 宋玉兰 宋茂华 宋海英 张正平 张龙耀 张永强 张利国 张秀青 张明 张宗毅 张俊飚 张美云 张洪洲 张珩 张海鹏 张萌 张寒 张瑞娟 张德元 张德生 张藕香 陈风波 陈文汇 陈龙江 陈伟 陈苏 陈明 陈明红 陈秋红 陈秧分 陈海江 陈富桥 武戈 武拉平 林大燕 林发勤 林欣 林涛 易福金 罗万纯 罗小锋 罗明忠 罗剑朝 罗浩轩 金洪云 周扬 周密 周博 郑旭芸 孟祥海 项朝阳 赵向豪 赵贵玉 赵晓飞 赵霞 宗义湘 胡冰川 胡宜挺 胡凌啸 胡新艳 姜冰 姜松 姜惠宸 娄锋 费佐兰 姚文捷 姚柳杨 袁媛 热孜燕·瓦卡斯 贾羽舒 贾彬 夏显力 柴盈 钱文荣 钱贵霞 钱宸 徐涛 徐海俊 徐源 栾敬东 高帅 高珊 高强 郭君平 唐德祥 黄玉玺 曹建民 曹斌 常伟 崔宁波 崔宝玉 崔海霞 章晓英 梁春梅 彭长生 彭柳林 董晓霞 韩一军 韩军 韩晓燕 傅国华 曾玉珍 曾杨梅 曾丽军 曾寅初 温涛 谢超平 蓝红星 蒲红霞 詹琳 靖飞 窦学诚 蔡海龙 裴雪昆 谭砚文 谭晓婷 谭淑豪 翟天昶 翟涛 熊涛 熊磊 樊孝凤 颜廷武 潘伟光 戴化勇 檀学文 魏蔚
第八届监事会名单（合计5人）：
监事长（兼）：
曾寅初 中国人民大学农业与农村发展学院 教授
副监事长：
张宗毅 江苏大学 教授
林发勤 中国农业大学经济管理学院 教授
监事：
靖 飞 渤海大学 教授
翟天昶 中国社会科学院农村发展研究所 助理研究员
余家林 中国社会科学院农村发展研究所 助理研究员
[更新日期：2024-5-25]